Skalkendrup nævnes første gang i 1390 under navnet Scalketorp. Byen omtales i forbindelse med, at væbneren Absalon Pedersen skænker sin ejendom i byen til Sortebrødrene i Odense. Navnet Scalketorp formodes at være sammen sat af mandsnavnet Skalki og betegnelsen "torp”, der betyder udflytterbebyggelse. Det er altså formodentligt Skalki, der i gammel tid har fået æren af at have udflyttet byen fra Aunslev. Skalkendrup er hjemsted for Aunslev Sogns præstegård. Efter reformationen blev Aunslev Sogn koblet sammen med Bovense Sogn i en fælles sognekommune med fælles præst. Skalkendrup var derfor den oplagte placering til præstegården, idet der fra Skalkendrup var kortest mulig afstand til flest mulige af sognebørnene i de to sogne.
